*近，中國農(nóng)業(yè)大學國家玉米改良中心田豐教授團隊與楊小紅教授團隊合作研究，以368份玉米自交系未成熟籽粒為實驗材料，定位玉米種全基因組水平QTL(數(shù)量性狀位點），全面解析了其可變剪接的調(diào)控機制，并為研究表型變異提供了重要線索。

　　可變剪接，這個早在上世紀就被提出的概念，在近幾年的研究中，又“火”了起來?？茖W家們發(fā)現(xiàn)，可變剪接不僅豐富蛋白質(zhì)組多樣性，還在生物體內(nèi)起著重要的調(diào)控作用。

　　可變剪接是什么？這項研究有了什么新發(fā)現(xiàn)？是怎樣得出來的？實驗中的難點是什么？對之后的研究有怎樣的借鑒意義？

　　玉米變異豐富 比人猿間差異還大

　　可變剪接，又稱選擇性剪接。其過程是未成熟的mRNA（信使RNA）分子通過選擇不同的剪切位點，切除掉其部分片段，將剩余片段以多樣化組合方式重新連接在一起，形成多種不同結構的成熟mRNA分子。

　　“簡單來說，就是一個前體mRNA分子可以經(jīng)過不同的加工方式，形成不同的成熟mRNA產(chǎn)物。”該論文*作者、中國農(nóng)業(yè)大學玉米改良中心陳秋月博士解釋道，這就像用剪刀去剪繩子、再把剪下來的繩段重新打結一樣，剪哪里、剪幾刀、留下哪些繩段、以什么順序打結，這些都會產(chǎn)生不同的新繩。

　　成熟mRNA分子可翻譯表達各種不同的蛋白質(zhì)，因此，可變剪接自上世紀被提出以來，就被認為是豐富蛋白質(zhì)組多樣性的主要機制。近幾年，隨著科學家們通過實驗發(fā)現(xiàn)可變剪接在細胞內(nèi)還起著重要的調(diào)控作用，以及高通量測序技術及生物信息學的飛速發(fā)展，可變剪接的相關研究又“火熱”起來，這些研究分別從不同環(huán)境下比對單個基因和個別品種可變剪接變化的角度展開。而這次實驗所采用的全基因組水平QTL定位方法，在植物學領域是*創(chuàng)新嘗試。

　　QTL是指控制數(shù)量性狀的基因在基因組中的位置。全基因組水平QTL定位，通俗地講，就是在全基因組范圍內(nèi)，把控制株高、籽粒重等變異連續(xù)性狀的各基因，在基因組中的位置給找出來。

　　為更接近玉米群體真實轉錄水平，研究團隊采用自然群體，以368份玉米自交系未成熟籽粒為實驗材料，對轉錄本組，即一個基因通過可變剪接轉錄形成的多種成熟mRNA，進行重新組裝，獲得了以往未被研究的新轉錄本。

　　“玉米遺傳多樣性高，基因組變異和表型變異都非常豐富。任何兩顆玉米之間的差異，都比人和猩猩之間的差異大。”論文共同*作者、華中農(nóng)業(yè)大學作物遺傳改良國家重點實驗室博士后劉海軍說，“并且玉米是異交作物，連鎖不平衡衰減很快，定位精度高，非常適合用來研究可變剪接的遺傳機理。”

　　對實驗材料的轉錄本組取樣是項繁重的工作。368份玉米自交系，每份自交系種植15株，再選3到5株做自交，在成功收獲的每根玉米棒上用手術刀取15顆完整籽粒。算下來，一共需要人工剝?nèi)?萬多顆玉米粒，這僅是取樣的*步。科研團隊還需將玉米粒在零下190攝氏度液氮環(huán)境下磨碎，再進行RNA提取工作。

　　“雙手磨出泡是常有的事兒。擔心唾液淀粉酶降解掉RNA，我們必須要戴雙層口罩，不能說話，*下來耳朵那兒被繩子勒得很疼。”陳秋月講述道，“這次實驗涉及1萬多個基因，SNP標記有125萬個，數(shù)據(jù)分析工作量很大。而且實驗室服務器的容量不夠，我那會兒經(jīng)常到別的實驗室借機器用，還去過武漢借華中農(nóng)大的超級計算機跑程序。”

　　不同QTL 功能定位各負其責

　　該項研究發(fā)現(xiàn)，可變剪接能通過與不同層次的分子調(diào)控機制頻繁偶聯(lián)，進而廣泛參與細胞轉錄及轉錄后水平調(diào)控。

　　其中一類調(diào)控機制是小RNA介導的轉錄調(diào)控。小RNA，一種非編碼單鏈RNA分子，會識別與之序列相匹配的轉錄本，并和其他蛋白一起將其降解。“但如果因為可變剪接表達出不含相應識別位點的轉錄本，則不會受此影響。”劉海軍說。

　　還有一類是無義介導的mRNA降解機制。“通過內(nèi)含子保留形成的轉錄本中，保留下來的這段內(nèi)含子上如果含有終止密碼子，就會導致翻譯提前終止，這樣的mRNA序列就會被細胞降解掉。”劉海軍解釋道。

　　除此之外，可變剪接也對小干擾多肽起著調(diào)控作用。轉錄因子在此過程中扮演著核心角色。轉錄因子是基因表達調(diào)控研究領域的“明星”，一個轉錄因子可以影響一系列下游的基因在何時何地表達，甚至表達量的多少。有一類轉錄因子，由于其上存在一段多聚化功能區(qū)域，需通過形成二聚體才能發(fā)揮作用。

　　劉海軍將這樣的功能區(qū)域形象比喻為轉錄因子的“手”，并進一步解釋：“如果可變剪接，比如外顯子跳躍，使得轉錄出的轉錄因子丟掉了發(fā)揮識別功能的區(qū)域，但是其他的功能域特別是‘手’還被保留下來，那這些因不能識別DNA而無法正常行使功能的轉錄因子片段，就會死纏爛打地牽著功能正常的蛋白質(zhì)，大量消耗正常轉錄因子，使其也無法行使調(diào)控作用了。”

　　該實驗通過對玉米全基因組QTL進行定位，發(fā)現(xiàn)sQTL（控制可變剪接變異的QTL）與eQTL（控制基因表達的QTL）共定位的情況占比很小。由此看來，基因表達總量的多少和其轉錄本組的比例構成，二者關系并不密切。

　　“就像在家庭關系中老公掙錢交給老婆，老婆操心分配這些錢該怎么花，掙錢的總量和分配下去的比例這兩個過程是相對獨立的，或者說由不同角色來負責的。”劉海軍對科技日報講解道，“當然也有同一個人說了算的情況，但是這種情況的比例比較低。”

　　指揮“千軍萬馬”的“司令官”

　　有一個小家伙引起了研究人員的特別注意。實驗發(fā)現(xiàn)，一條叫做ZmGRP1的基因可以調(diào)控高達一千多個下游基因的可變剪接。陳秋月表示，由于此前已有研究發(fā)現(xiàn)，ZmGRP1在擬南芥中的同源蛋白AtGRP7和AtGRP8可以調(diào)控許多基因的可變剪接，由此她推測ZmGRP1也有相似的功能。

　　為證實這一設想，她利用CRISPR/Cas9基因編輯技術，敲除該基因編碼區(qū)，被破壞掉編碼區(qū)的ZmGRP1就無法正常表達。將經(jīng)過此處理的植株和正常植株進行比對，發(fā)現(xiàn)有一千多個基因的可變剪接受到影響。ZmGRP1就如司令官指揮千軍萬馬一般，調(diào)控著這些基因的可變剪接。

　　此外，根據(jù)此次QTL定位圖譜中的一些sQTL與eQTL共定位現(xiàn)象，科學家們推測，可變剪接變異可能直接影響表型變異，但具體的調(diào)控過程仍有待探索。

　　“在這方面我們的結果更重要地是提供了一個資源，可以讓玉米界其他研究具體性狀或者具體基因的同仁參考、借鑒。”劉海軍表示?？梢哉雇氖牵诮窈蟮难芯恐?，或可在不影響基因表達的情況下，人為改變其轉錄本構成，可以對玉米性狀進行更精細的調(diào)控。

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